La hipometilación y la hipermetilación del ADN ligado al cáncer están presentes en todo el genoma humano. La hipermetilación facilita el progreso del cáncer al reprimir el gen supresor de tumores. La contribución de la hipometilación al cáncer aún no ha sido clara. Estudios recientes de metilación específica de tejido han sugerido que la hipometilación del ADN ayuda a la formación de tumores por muchas vías. La pérdida de metilación del ADN asociada con el cáncer puede alterar la transcripción. Además, la hipometilación del ADN podría afectar la producción del uso del promotor de transcritos de ARN no codificantes intragénicos, el empalme cotranscripcional y la iniciación y elongación de la transcripción. Los estudios de hemimetilación del ADN en células cancerosas, así como en tejidos normales, sugieren que la desmetilación activa puede explicar la hipometilación del ADN asociada al cáncer. Nuevos estudios de que la 5-hidroximetilcitosina genómica es intermedia en la desmetilación del ADN muestran pérdidas asociadas al cáncer. Sugiere que tanto la disminución de la metilación del hidroxilo como la metilación del ADN juegan un papel importante en la carcinogénesis.