La impronta genómica, en la que los genes de un padre tienen propiedades de expresión diferentes a las del otro padre, ocurre en las plantas. Tiene consecuencias potencialmente significativas debido a la importancia de los híbridos en la evolución y el mejoramiento de las plantas, y proporciona un mecanismo que puede ocultar la variación genética durante muchas generaciones. El estudio de la organización nuclear muestra que la posición del cromosoma y del genoma se relaciona con la impronta en los híbridos F1, y los genomas periféricos tienden a expresarse preferentemente. En algunos híbridos poliploides endogámicos, como Triticale (un híbrido de trigo x centeno), el tratamiento con el agente de desmetilación azacitidina libera una variación oculta, que quizás se perdió debido a los fenómenos de impronta.