Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Análisis de componentes principales de la dinámica del proteoma en Mycobacterium Tuberculosis Ironstarved

Prahlad K. Rao y Qingbo Li

El objetivo de este estudio es utilizar el análisis de componentes principales (PCA) para el análisis multivariante de la dinámica del proteoma basado en la abundancia de proteínas y la información de recambio generada por alta resolución < strong>espectrometría de masas. Anteriormente informamos sobre la evaluación de la dinámica de proteínas en Mycobacterium tuberculosis hambriento de hierro, lo que revela una interconexión interesante entre los procesos celulares que involucran la síntesis, degradación y secreción de proteínas (Anal. Chem. 80, 6860-9). En este estudio, utilizamos un enfoque de búsqueda en la base de datos de señuelo de destino para seleccionar péptidos para la cuantificación con una tasa de descubrimiento falso del 4,2 %. Además, usamos PCA para reducir las dimensiones de los datos para una interpretación más simple. Los resultados de PCA indican que el recambio de proteínas y las propiedades de abundancia relativa son aproximadamente ortogonales en el espacio de datos definido por los primeros tres componentes principales. Mostramos el potencial del valor T2 (T2) de Hotelling como un índice cuantificable para comparar cambios entre categorías funcionales de proteínas. El valor T2 representa el cambio bruto de una proteína tanto en abundancia como en recambio. Un examen minucioso del complejo antígeno 85 demuestra que T2 predice correctamente los cambios coordinados de las proteínas del complejo antígeno 85. Los datos de dinámica de proteínas multidimensionales revelan además la secreción del complejo antígeno 85. En general, este estudio demuestra que la PCA es un medio eficaz para facilitar la interpretación del conjunto de datos de dinámica del proteoma multivariable que, de otro modo, seguiría siendo un desafío importante con los métodos tradicionales.