Revista de Horticultura
Acceso abierto

abstracto

Análisis del transcriptoma del pétalo de la col china (Brassica rapa Ssp. Pekinensis) usando RNA-Seq

Liu Chang, Liu Zhiyong, Ye Xueling, Wang Yiheng, Meng Qian y Feng Hui

Las flores son el órgano más complejo y atractivo de las plantas con flores que juegan un papel importante en el proceso reproductivo de las angiospermas. En este estudio, empleamos la secuenciación de alto rendimiento de próxima generación (RNA-Seq) para obtener información sobre la amplia gama de eventos transcripcionales asociados con el desarrollo de los pétalos en la col china (Brassica rapa ssp. pequinensis). Aislamos secuencias de ARN de la masa vegetativa en la etapa de cuatro hojas y pétalos en plena floración. Las secuencias se alinearon con un genoma de referencia y se analizaron para medir los niveles de expresión génica y detectar genes expresados diferencialmente (DEG). Se obtuvo un total de 11.079 DEG, de los cuales 3.900 DEG estaban regulados al alza en la muestra de pétalos y 7.179 estaban regulados a la baja. En 1595 genes específicamente expresados (SEG); 303 SEG exhibieron regulación al alza con 1292 regulaciones a la baja. El análisis de Gene Ontology (GO) se utilizó además para reconocer las principales funciones biológicas de los DEG. Posteriormente, utilizando el análisis de enriquecimiento KEGG, encontramos que los DEG estaban involucrados en 125 vías. Finalmente, se utilizó PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) para verificar el patrón de expresión de DEG parciales contra los datos de secuenciación. Es importante destacar que todos los genes parcialmente conocidos (que se expresaron específicamente en pétalos) se reflejaron en los DEG obtenidos, incluidos; PISTILLATA, APETALA3, SEPALLATA2, SEPALLATA1. Además, encontramos múltiples genes que daban altos niveles de diferencias de expresión pero cuyas funciones eran desconocidas. Un análisis funcional adicional del conjunto de genes expresados diferencialmente nos ayudará a dilucidar el mecanismo del desarrollo de los pétalos y puede facilitar significativamente las prácticas de reproducción a nivel molecular.