Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Modelado de farmacóforos y estudios de detección virtual para diseñar posibles inhibidores de la proteína tirosina fosfatasa 1B como nuevos líderes

Neelakantan Suresh y N. S. Vasanthi

La proteína tirosina fosfatasa 1B (PTP-1B) es uno de los objetivos importantes en el tratamiento de la diabetes y obesidad Desempeñan un papel muy importante en la señalización celular dentro y entre las células. La hipótesis del mejor farmacóforo (Hipo 1), que consta de cuatro características, a saber, un aceptor de enlaces de hidrógeno (HBA), un punto hidrofóbico (HY) y dos aromáticos de anillo (RA), tiene un coeficiente de correlación de 0,961, una raíz media desviación cuadrada (RMSD) de 0.885 y una diferencia de costo de 62.436, lo que sugiere que se obtuvo con éxito un modelo de farmacóforo altamente predictivo. Se ha generado un modelo de farmacóforo basado en características químicas a partir de inhibidores de PTP-1B conocidos (25 compuestos del conjunto de entrenamiento) mediante el módulo HypoGen implementado en el software CATALYST. La hipótesis mejor clasificada (Hypo1) contenía cuatro tipos de características químicas, como el aceptor de enlaces de hidrógeno (HA), las características aromáticas hidrofóbicas (HY) y las características aromáticas de dos anillos (RA). Hypo1 se validó aún más con 125 moléculas del conjunto de prueba, lo que dio un coeficiente de correlación de 0,905 entre la actividad experimental y la estimada. Esto también se validó utilizando el método CatScramble. Por lo tanto, Hypo1 se aprovechó para buscar nuevos compuestos principales sobre compuestos químicos en la base de datos de Medichem y luego los compuestos seleccionados se examinaron en función de la actividad estimada de restricción. Finalmente, obtuvimos 30 nuevos candidatos principales y se seleccionó la mejor estructura de compuesto altamente activo como compuesto principal. Los resultados demuestran que la hipótesis derivada de este estudio podría considerarse una herramienta útil y confiable para identificar compuestos estructuralmente diversos con la actividad biológica deseada.