Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto
ISSN: 0974-276X
ISSN: 0974-276X
Zhiqiang Wu, Cuihua Gu, Luke R Tembrock y Song Ge
Los plástidos, que se originaron a partir de cianobacterias a través de la endosimbiosis, contienen su propio genoma de ADN (plastoma) y se heredan uniparentalmente en la mayoría de las especies de plantas. En este estudio, informamos la secuencia completa del plastoma del arroz silvestre de Manchuria (Zizania latifolia) obtenida mediante la secuenciación tradicional de Sanger y la comparamos con el plastoma publicado anteriormente del arroz silvestre de América del Norte (Z. aquatica) del mismo género. El plastoma de Z. latifolia tiene una longitud de secuencia total de 136 461 pb y exhibe una estructura circular típica que incluye un par de repeticiones invertidas de 20 878 pb (IRa, b) separadas por una gran región de copia única (LSC) de 82 115 pb y una pequeña -región de copia (SSC) de 12.590 pb, y es solo 97 pb más larga que el arroz silvestre de América del Norte. El contenido de genes, el orden y la orientación son similares a todas las demás especies de pastos. Cuatro uniones en dos estructuras de plastoma son exactamente iguales entre las especies de Zizania. A partir de comparaciones de genomas completos, se encuentran 744 sustituciones (568, 46 y 130 para LSC, IR y SSC) entre los dos plastomas de Zizania, incluidas 267 de regiones codificantes y 477 de regiones no codificantes. Las inserciones/deleciones (Indels) se encuentran principalmente en regiones no codificantes (136), excepto la única repetición indel de regiones codificantes en el gen rpoC2. Los biomarcadores más informativos (rps16-trnQ, ndhF y matK) son también los más divergentes entre las dos especies de Zizania. El plastoma completo y los análisis comparativos de estas dos especies de Zizania serían un recurso importante para futuros estudios sistemáticos o de genética de poblaciones en la subtribu Zizaniinae, reproducción asistida por marcadores y transformación plastómica.