Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Modelado de homología in silico del gen de la serina proteinasa del factor activador de la profenoloxidasa a partir de los hemocitos de Fenneropenaeus indicus

Baskaralingam Vaseeharan y Sivakama Valli. j

En los invertebrados, el sistema inmunitario consta de encapsulación, fagocitosis y formación de nódulos, mientras que las respuestas humorales incluyen la coagulación, la síntesis de péptidos antimicrobianos y la activación del sistema Profenoloxidasa (proPO). Las serina proteinasas (SPs) constituyen una de las familias más grandes de enzimas proteolíticas involucradas en la activación de Profenoloxidasa. La característica principal de la serina proteinasa está interconectada por tres pares de puentes disulfuro conservados. Aunque la función exacta del dominio de clip actualmente no está clara, existen ciertas especulaciones sobre su función. El presente estudio informa sobre las estructuras tridimensionales de la nueva serina proteinasa de genes relacionados con el sistema inmunitario predichas por estudios de modelado de homología in silico. La caracterización fisicoquímica interpreta propiedades como pI, EC, AI, GRAVY e índice de inestabilidad y proporciona datos valiosos sobre esta serina proteinasa de dominio clip. Se realizó la predicción de motivos, patrones, puentes disulfuro y estructura secundaria para la caracterización funcional de las serina proteinasas. Las estructuras tridimensionales para estas proteínas aún no estaban disponibles en PDB. Por lo tanto, se desarrolló un modelo de homología para esta proteína serina proteinasa. El modelado de la estructura tridimensional de las proteínas mostró que los modelos generados por Modeller9V8 eran más aceptables en comparación con Swiss Model. Los modelos se validaron utilizando las herramientas de control de estructura de proteínas PROCHECK y WHAT IF. Las estructuras proporcionarán una buena base para el análisis funcional de estructuras cristalinas derivadas experimentalmente. Se presentan los mejores resultados del estudio de modelado in silico, que pueden ayudar a descubrir nuevos péptidos sintéticos relacionados con el sistema inmunitario o derivados de las serina proteinasas que podrían ser útiles para comprender el mecanismo de participación de las serina proteinasas en el sistema activador de la profenoloxidasa de los crustáceos. La predicción de la estructura cristalina de las proteínas serina proteinasa relacionadas con el sistema inmunitario de los camarones ayudará a explorar otras ciencias de la vida: farmacocinética y toxicología, diseño de fármacos y quimioinformática, etc.