Investigación inmunológica
Acceso abierto
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Antecedentes El número de receptores de antígeno, inmunoglobulinas (IG) o anticuerpos y receptores de células T (TR) de la respuesta inmune adaptativa en vertebrados con mandíbulas es casi ilimitada (2.1012 por individuo en humanos). Esta enorme diversidad resulta de mecanismos complejos en la síntesis de los dominios variables (V), que incluyen reordenamientos moleculares de ADN de los genes V, diversidad (D) y unión (J), diversidad N en el V-(D)-J uniones y, para IG, hipermutaciones somáticas. La especificidad de los dominios V es conferida por las regiones determinantes de la complementariedad (CDR) y más particularmente por la CDR3. IMGT®, el sistema de información internacional ImMunoGeneT-ics®, ha desarrollado herramientas en línea que proporcionan un análisis de secuencia detallado y preciso de los dominios V (IMGT/V-QUEST) y CDR3 (IMGT/JunctionAnalysis), basado en IMGT-ONTOLOGY . Sin embargo, los análisis en línea están limitados a 50 secuencias por lote. El reto consistía en proporcionar análisis idénticos de alta calidad para la gran cantidad de secuencias obtenidas mediante la secuenciación profunda y de alto rendimiento de Next Generation Sequencing (NGS). Resultados IMGT® ha desarrollado IMGT/HighV-QUEST que analiza hasta 150 000 secuencias de dominio IG o TR V por lote y realiza análisis estadísticos de los resultados de hasta 450 000 secuencias. IMGT/HighV-QUEST proporciona a los usuarios: (i) una interfaz web amigable para el envío y la recuperación de resultados, (ii) resultados detallados de alta calidad de IMGT/V-QUEST e IMGT/JunctionAnalysis, basados en los conceptos de IMGT-ONTOLOGY e IMGT Reglas de gráficos científicos, (iii) un marco estandarizado para el análisis estadístico NGS, basado en ‘Categoría de resultados’ (‘1 copia’; ‘Más de 1’; ‘alelo único’; ‘varios alelos (o genes)’; , longitudes CDR3-IMGT). Conclusiones IMGT/HighV-QUEST ha estado disponible gratuitamente para uso académico en la página de inicio de IMGT® (http://www.imgt.org) desde octubre de 2010. Se enviaron más de 123 millones de secuencias durante su primer año IMGT/HighV-QUEST es un componente clave para establecer repertorios fiables de dominios IG y TR V. Estos repertorios contribuirán a los perfiles inmunológicos individuales en diversas situaciones inmunitarias y en diferentes poblaciones de células B y T. También contribuir a caracterizar posibles anticuerpos terapéuticos a partir de bibliotecas combinatorias.