Virología y Micología
Acceso abierto

abstracto

Análisis genómico de actinomicetos obtenidos de dos lagos de soda en Etiopía

Kenesa Chali1*, Ketema Bacha2, Zerihun Belay1, Tolessa Muleta1

Antecedentes: como sugirieron algunos estudios anteriores, los elementos reguladores tanto en las regiones del cuerpo del gen como del promotor, los sitios de inicio de la transcripción (TSS) en el El gen de los actinomicetos debe identificarse para comprender los mecanismos de regulación de genes. Se llevó a cabo un estudio computacional y un análisis in silico del genoma de los actinomicetos que se encuentra aislado en dos lagos de soda de Etiopía. Las regiones promotoras y sus elementos reguladores se analizaron utilizando diez secuencias funcionales.

Resultados: Se identificó TSS para cada uno de los diez (10) genes funcionales de los actinomicetos aislados. Alrededor del 92% de los genes de los actinomicetos contenían más de dos TSS y se consideró un TSS con la puntuación predictiva más alta para determinar una región promotora de los genes. Se seleccionaron e investigaron los genes que tenían más de un TSS y TSS de la puntuación de predicción más alta y nuestro resultado mostró que solo los genes de actinomicetos LC-21 del lago Chitu y LA-21 del lago Arenguade tenían un solo TSS, mientras que el 92% de los genes contenían más de dos TSS. En general, solo el gen del aislado de actinomiceto (LC-13) del lago Chitu tenía un máximo de seis (6) TSS. Se identificaron un total de siete motivos candidatos comunes. La ubicación y distribución de estos motivos candidatos en las regiones promotoras están dominadas por Mot I en relación con los TSS. Dependiendo de su valor de significación; El alginato y las familias del factor Z regulador de la motilidad (4.00e-01) estuvieron involucradas en el mecanismo regulador de los genes de los actinomicetos. No hay isla CpG en las regiones del cuerpo del gen y del promotor del genoma de los actinomicetos.

Conclusión: Nuestra investigación es importante para predecir el gen funcional de actinomicetos secuenciados, nuevos grupos de genes biosintéticos (vías inactivadas o crípticas) para compuestos de metabolitos secundarios de actinomicetos y oportunidades para las industrias biotecnológica y farmacéutica y más detalle la caracterización molecular del genoma de los actinomicetos aislado de dos lagos de sosa en Etiopía.