Revista de Horticultura
Acceso abierto

abstracto

Análisis de todo el genoma de variantes de empalme de ARNm en plantas superiores

Ying Li, Qianhuan Guo, Chengchao Zheng, Shizhong Zhang*, Kang Yan*

El empalme alternativo (AS) produce múltiples variantes de empalme de ARNm a partir de un solo transcrito precursor. Los análisis recientes de secuenciación del genoma y la creciente evidencia experimental en plantas con flores han revelado que AS es mucho más frecuente de lo que se pensaba anteriormente y desempeña un papel crucial en la diversificación de la regulación genética. A pesar de numerosos estudios, el alcance y la complejidad de las variantes de ARNm en plantas siguen estando mal caracterizados desde una perspectiva global. En el presente estudio, se investigaron 589 034 variantes de ARNm de 442 541 genes anotados de 12 especies de plantas. Todos los genes AS se clasificaron en cuatro grupos según el número de variantes de ARNm, a saber, 2V (dos variantes), 3V (tres variantes), 4V (cuatro variantes) y 5V+ (cinco o más variantes). Curiosamente, nuestro análisis indicó que más del 50% de los genes AS generaron solo dos variantes en plantas superiores. Un análisis global de la estructura del gen reveló que los genes AS contenían más exones e intrones, pero más cortos, a medida que aumentaba el número de variantes de ARNm. Los resultados también sugirieron que AS provocó diferentes efectos en la mejora de la diversidad de transcriptomas y proteomas. En conjunto, el análisis de especies cruzadas proporcionó el conjunto más completo de variantes de empalme anotadas en plantas superiores hasta el momento y amplió la visión actual sobre las variantes de ARNm.