Revista de glucómica y lipidómica
Acceso abierto

abstracto

Diversidad, abundancia y distribución de enzimas de la ruta de glicosilación ligada a O en procariotas: un estudio de genómica comparativa

Manjeet Kumar y Petety V. Balajia

En procariotas, las rutas de glicosilación de proteína N y O (GlyPW) se han caracterizado experimentalmente en algunos de los organismos . La identificación de GlyPW en otros procariotas es esencial para comprender el papel de la glicosilación. Aquí informamos un enfoque de genómica comparativa basado en BLASTp y un modelo de Markov oculto (HMM) para identificar enzimas de O-glicosilación putativas en genomas procarióticos completamente secuenciados utilizando las enzimas O-GlyPW caracterizadas experimentalmente como secuencias de consulta. Se encuentran homólogos para enzimas de las cinco categorías, a saber, iniciación, modificación, extensión, flipasa y oligosacariltransferasa en 128 organismos y no se encuentra ningún homólogo para ninguno de estos en 52 organismos. Un gran número de organismos tienen homólogos para todas las categorías, excepto las oligosacariltransferasas, que muestran una gran diversidad de secuencias. Por lo tanto, los homólogos de la enzima O-GlyPW son ampliamente prevalentes. La mayoría de los 128 organismos son proteobacterias y más de la mitad son patógenos. El patrón de distribución de homólogos indica variaciones específicas de especies y cepas y adquisición de homólogos por transferencia horizontal de genes.