Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Detección de mutaciones en la secuencia de aminoácidos virales de la hepatitis B en infecciones ocultas de la hepatitis B a través del modelo de partición bayesiana

Zhichao Lian, Qi Ning Tian, Yang Liu, Valeria Cento, Romina Salpini, Carlo Federico Perno, Valentina Svicher, Gang Chen, Cong Li y Jing Zhang

Antecedentes: con los avances tecnológicos, varias infecciones por el virus de la hepatitis B (VHB), en las que el ADN viral está presente en el hígado o plasma, sin la detección concomitante de HBsAg en plasma, y se han denominado infecciones ocultas de hepatitis B (OBI). Desafortunadamente, la etiología y la patogenia de la OBI siguen siendo esquivas hasta la fecha, y las características genéticas de la secuencia del VHB que conducen al desarrollo de la OBI aún no se conocen bien.

Métodos: se recogieron secuencias de aminoácidos de la transcriptasa inversa (RT) del VHB de 358 genotipos C (330 pacientes con infección crónica y 28 pacientes con infección oculta) y 107 genotipos D (83 pacientes con infección crónica y 24 pacientes con infección oculta). Además de la búsqueda codiciosa, se aplica un enfoque estadístico novedoso, el modelo de partición variable bayesiano para identificar esas posiciones, donde las mutaciones de aminoácidos discriminan de forma colaborativa las muestras OBI de las muestras con infección crónica, en el genotipo C y el genotipo D, respectivamente.

Resultados: se encontraron varias posiciones discriminadas y correlacionadas en el genotipo C (combinaciones de posiciones de alto orden enumeradas en las tablas) y el genotipo D (posiciones 126+138, 129+131 y 138+139) respectivamente. Al comparar las distribuciones de aminoácidos en estas posiciones entre el genotipo C y el genotipo D, se informó que seis combinaciones de posiciones tenían distribuciones de aminoácidos claramente diferentes en estos dos genotipos de VHB.

Conclusiones: este artículo promueve la comprensión de la correlación entre las mutaciones de la secuencia del VHB y las diferencias de OBI en dos genotipos del VHB mediante el estudio de las mutaciones en las secuencias de aminoácidos de la RT del VHB. A diferencia de otros métodos tradicionales, el método basado en Bayesian es capaz de analizar combinaciones de posiciones de alto orden.