Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Intervalos de confianza ajustados para el cambio de expresión de proteínas observado en electroforesis en gel de diferencia bidimensional

Klaus Jung, Gereon Poschmann, Katharina Podwojski, Martin Eisenacher, Michael Kohl, Kathy Pfeiffer, Helmut E. Meyer, Kai Stühler y Christian Stephan

Los análisis diferenciales de proteoma se centran en la detección y cuantificación de cambios de expresión entre muestras de diferentes grupos biológicos. Si bien la importancia de un cambio de expresión se detecta mediante alguna prueba estadística, la fuerza de un cambio de expresión generalmente se cuantifica mediante alguna estimación de proporción, p. el ‘cambio de pliegue’. Debido a su carácter cuantitativo, el cambio de pliegue es más intuitivo para los biólogos que la decisión de una prueba estadística. Sin embargo, los cambios de expresión fuertes a menudo son engañosos si este cambio no es significativo. Por esta razón, proponemos el empleo de intervalos de confianza, ajustados para pruebas de hipótesis múltiples, que naturalmente comprenden tanto la decisión de la prueba como la cuantificación. Los intervalos de confianza ajustados se pueden utilizar para tomar decisiones de prueba bajo el control de las tasas de error que normalmente se consideran en las pruebas de hipótesis múltiples (por ejemplo, la tasa de error familiar o la tasa de descubrimiento falso). Para los biólogos, las decisiones de prueba basadas en intervalos de confianza ajustados ofrecen un método más intuitivo para seleccionar proteínas con un cambio de expresión significativo entre dos grupos. La longitud de los intervalos se puede utilizar para la planificación del tamaño de la muestra de los próximos experimentos. Nuestro enfoque se dirige principalmente a los datos de expresión de proteínas registrados por electroforesis en gel de diferencia bidimensional.