Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Ley de Zipf en proteómica

Stanislav Naryzhny, Maria Maynskova, Victor Zgoda y ?lexander Archakov

Las células humanas contienen muchos miles de componentes proteicos, especies/proteoformas proteicas, cuya cooperación proporciona los complicados mecanismos funcionales del proteoma celular. Aunque los métodos recientes aún no nos permiten obtener una imagen completa de esta cooperación, al menos brindan la oportunidad de desarrollar una representación del tamaño del proteoma y la distribución cuantitativa de las especies de proteínas dentro del proteoma. Usando análisis 2DE seguido de tinción de proteínas y análisis ESI LC-MS/MS, realizamos un análisis de la distribución cuantitativa de diferentes especies de proteínas en células humanas. Hemos analizado varias líneas celulares de cáncer humano (HepG2, glioblastoma, MCF7) junto con las células hepáticas primarias de muestras de tejido y descubrimos que la dependencia del número de especies de proteínas en su abundancia se describe mediante la ley de Zipf: y= ax-1 (1) Donde y representa el número de especies de proteínas (N), x representa la abundancia. En el caso de que la abundancia se exprese como %V, y a=14, la ecuación final es: N=14/%V (2) Es muy probable que este tipo de distribución refleje la organización funcional fundamental del proteoma celular humano ya que es igual en todos los tipos de células analizadas.