Transcriptómica: Acceso Abierto
Acceso abierto
ISSN: 2329-8936
ISSN: 2329-8936
Ahsan Huda y Pierre R Bushel
Antecedentes: Durante mucho tiempo se ha considerado que los elementos transponibles (ET) son ADN egoísta o basura que tiene poco o ningún papel en la regulación o el funcionamiento del Genoma humano. Sin embargo, en los últimos años, este punto de vista se ha visto cuestionado ya que varios estudios proporcionaron evidencia anecdótica y global de la contribución de los TE a las necesidades de regulación y codificación de los genes humanos. En este estudio, exploramos la incorporación y la regulación epigenética de secuencias de codificación donadas por TE utilizando la expresión génica y otros datos genómicos auxiliares de dos líneas celulares hematopoyéticas humanas: GM12878 (una línea celular linfoblastoide) y K562 (una línea celular de leucemia mielógena crónica) . En cada línea celular, encontramos varios miles de casos de TE que donan secuencias de codificación a genes humanos. Comparamos el ensamblaje del transcriptoma de las lecturas de secuenciación de ARN (RNA-Seq) con y sin la ayuda de un transcriptoma de referencia y encontramos que el porcentaje de genes que incorporan TE en sus secuencias de codificación es significativamente mayor que el obtenido de los ensamblajes del transcriptoma de referencia usando Modelos genéticos Refseq y Gencode. También utilizamos datos de secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina de modificaciones de histonas (ChIP-Seq), datos de análisis de cap de expresión génica (CAGE) y datos de sitio de hipersensibilidad de DNAseI (DHS) para demostrar la regulación epigenética de las secuencias de codificación derivadas de TE. Nuestros resultados sugieren que los TE forman un porcentaje significativamente mayor de secuencias de codificación que las representadas en las bases de datos de anotaciones de genes y que estas secuencias derivadas de TE están reguladas epigenéticamente de acuerdo con su expresión en los dos tipos de células.