Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Validez del método de alineación de la estructura de proteínas basado en los ángulos de torsión de la columna vertebral

Sunghoon Jung, Se-Eun Bae y Hyeon S. Hijo

Investigaciones anteriores notaron que una estructura de columna vertebral 3D se puede representar matemáticamente con un 1D ? y ? matriz de ángulo diedro. Sin embargo, el rendimiento de la alineación del ángulo diedro de la columna vertebral no fue respaldado con conjuntos de prueba suficientemente grandes para ser cuantificados; es decir, solo se analizaron 2 pares o 4 pares de proteínas. Aquí mostramos que es más efectivo anticipar con precisión la homología entre 1891 pares de proteínas de 62 proteasas diferentes con la cadena de ? y ? matriz de ángulo diedro que la famosa herramienta de alineación estructural 3D TM-align. Se llevó a cabo una alineación global sin espacios entre las estructuras de proteínas para validar la eficacia de realizar la alineación estructural con cadenas de ángulos de torsión de la columna vertebral. La representación de la estructura 3D mediante cadenas de ángulo de torsión 1D permite implementar la alineación local, la construcción de perfiles y los modelos ocultos de Markov con modificaciones menores y casi sin pérdida de velocidad en comparación con la alineación de secuencias. Mediante nuestra validación adicional de los estudios anteriores, la utilidad del método del ángulo diedro de la columna vertebral podría ser más evidente.