Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Validación de biomarcadores en conjuntos de datos de expresión génica de enfermedades inflamatorias Enfermedad intestinal: IL13RA2, PTGS2 y WNT5A como predictores de Respuesta a la terapia con infliximab

András Gyorffy, Máté Kormos, Luca Bartha, András Szabó, Balázs Gyorffy, Jan Budczies and Barna Vásárhelyi

Antecedentes: algunos pacientes con enfermedad inflamatoria intestinal (EII) no responden a la terapia con infliximab (IFX). Los estudios de expresión génica revelaron genes que pueden ayudar a predecir pacientes con EII que no responden. Nuestro propósito era validar el poder de discriminación de los genes publicados.

Métodos: se descargaron conjuntos de datos de micromatrices de pacientes con EII que respondían o no a IFX de la base de datos GEO (‘brazo transcriptómico’). Los genes publicados que discriminan a los pacientes que responden y los que no responden se identificaron en PubMed (‘brazo de biomarcadores’). Usando el análisis ROC, el desempeño discriminatorio de los genes en el ‘brazo de biomarcadores’ se volvieron a analizar en cada conjunto de datos del ‘brazo transcriptómico’. También realizamos un análisis independiente de conjuntos de datos de biopsias de colon para identificar nuevos genes discriminatorios.

Resultados: el brazo transcriptómico de cuatro conjuntos de datos GEO (3 y 1 de biopsias de colon y células sanguíneas, respectivamente) incluyó a 99 pacientes (de ellos, 59 y 40 respondieron y no respondieron a IFX, respectivamente). De los 65 genes candidatos notificados en muestras de biopsia, 25 genes discriminaron significativamente (p<0,05) a los respondedores y no respondedores a infliximab en los tres conjuntos de datos de biopsia de forma consistente. De los 39 genes candidatos informados en sangre periférica, 9 genes proporcionaron una discriminación significativa después de volver a realizar la prueba. El análisis independiente de tres conjuntos de datos de biopsia identificó los cinco genes principales. Tres genes (IL13RA2, PTGS2 y WNT5A) fueron discriminadores altamente efectivos en cada análisis.

Conclusión: este análisis identificó IL13RA2, PTGS2 y WNT5A, tres genes en tejidos del colon de pacientes con EII como adecuados para discriminar entre pacientes que responden y no responden a la terapia con IFX. Estos genes codifican proteínas implicadas en la patología intestinal; la alta expresión en pacientes que no responden puede indicar objetivos importantes en el tratamiento de la EII.