Investigación inmunológica
Acceso abierto
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Brett A McKinney, Nicole L Kallewaard, James E Crowe Jr y Jens Meiler
Antecedentes: La comprensión de la interacción entre las proteínas virales y los anticuerpos neutralizantes a resolución atómica se ve obstaculizada por la falta de soluciones experimentales complejos. El progreso en el acoplamiento computacional ha llevado a la predicción de complejos modelo de anticuerpo-antígeno de calidad cada vez mayor. La precisión de las predicciones de acoplamiento a nivel atómico mejora cuando se integra con información experimental y conocimiento experto. Métodos: Los datos de afinidad de unión asociados con mutaciones somáticas de un anticuerpo adulto humano específico de rotavirus (RV6-26) se utilizan para filtrar posibles orientaciones de acoplamiento de un modelo de homología de anticuerpos con respecto a la estructura cristalina VP6 de rotavirus. La estructura del anticuerpo se utiliza para sondear el trímero de VP6 en busca de residuos de interfase candidatos. Resultados: Se proponen tres epítopos conformacionales. Estos epítopos son regiones antigénicas candidatas para la mutagénesis dirigida al sitio de VP6, lo que ayudará a dilucidar aún más la función antigénica. Se propone un complejo VP6-anticuerpo RV6-26 de resolución pseudoatómica de acuerdo con la información experimental actual. Conclusión: El uso de restricciones de mutagénesis en los cálculos de acoplamiento permite la identificación de un pequeño número de arreglos alternativos de la interfaz antígeno-anticuerpo. La información de mutagénesis de la evolución natural de un anticuerpo neutralizante se puede utilizar para discriminar entre modelos a escala de residuos y crear restricciones de distancia para el acoplamiento de resolución atómica. La integración de datos de afinidad de unión u otra información con computación puede ser un enfoque ventajoso para ayudar en la ingeniería de péptidos o el diseño de anticuerpos terapéuticos.