Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Estrategia de filtrado de dos fases para la identificación eficaz de péptidos a partir de espectrometría de masas

Hoong Kee Ng, Kang Ning y Hon Wai Leong

La identificación de péptidos mediante espectrometría de masas en tándem (MS/MS) es uno de los problemas más importantes de la proteómica. Los avances recientes en los experimentos de MS/MS de alto rendimiento dan como resultado una gran cantidad de espectros, y el proceso de identificación de péptidos debería seguir el ritmo. En este documento, nos esforzamos por lograr una alta precisión y eficiencia para la identificación de péptidos con la presencia de ruido mediante una estrategia de filtrado de dos fases. Nuestro algoritmo transforma los espectros en vectores de alta dimensión y luego utiliza el mapa autoorganizado (SOM) y la consulta de rango multipunto (MPRQ) como filtros gruesos muy eficientes para seleccionar una cantidad de péptidos candidatos de la base de datos. Estos péptidos candidatos se puntúan y clasifican posteriormente mediante una función de puntuación S eta basada en etiquetas precisa. Los experimentos demostraron que nuestro enfoque es rápido y preciso para la identificación de péptidos.