Revista de Antivirales y Antirretrovirales
Acceso abierto

abstracto

Para sondear la adaptabilidad conformacional del segmento G-P-G-R conservado en el bucle V3 del VIH-1

Sudha Srivastava y Meena Kanyalkar

Para diseñar una vacuna eficaz contra el VIH, es importante estudiar la relación entre la diversidad de secuencias y las conformaciones de los péptidos determinantes neutralizantes principales (PND), la región hipervariable de gp120. Dos fragmentos 318-327 y 315-329 de gp120 están mapeados como PND y pueden inducir actividad de linfocitos citotóxicos específica de VIH-1 que podría matar células infectadas por virus. En consecuencia, el diseño de una conformación más ordenada y biológicamente relevante de la región inmunogénica del bucle gp120-V3 puede ayudar en el diseño de inmunógenos más efectivos para el desarrollo de vacunas contra el VIH-1. Con el fin de iluminar las preferencias estructurales óptimas, hemos explorado la adaptabilidad conformacional de dos fragmentos del bucle V3 de gp120 que contiene la secuencia G-P-G-R que abarca principalmente la región de la corona. Se han utilizado simulaciones de espectroscopia de resonancia magnética nuclear (NMR) y dinámica molecular (MD) para mapear la conformación en diversos sistemas de disolventes como el agua y la hexafluroacetona (HFA). En HFA, el fragmento más grande, 315-329 muestra cierto grado de inclinación hacia la formación de estructura secundaria. Esto indica que la longitud del fragmento es crucial para lograr la estructura secundaria, que puede ser responsable del estado hipervariable del bucle V3. Sin embargo, en el agua, ambos fragmentos no muestran preferencias conformacionales específicas.