Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto
ISSN: 0974-276X
ISSN: 0974-276X
Ramasamy Sumathy, SK Ashwath y VK Gopalakrishnan
La proteína del receptor de serotonina del gusano de seda es una proteína de membrana integral que pertenece a la superfamilia más grande de receptores acoplados a proteína G que comunican señales a través de la membrana celular a través de su interacción con G heterotrimérico Las proteínas y regulan muchos de los procesos fisiológicos, incluida la regulación de la alimentación, la agresión, el estado de ánimo, la percepción, el dolor, la ansiedad, etc. A pesar de la importancia de la proteína receptora de serotonina, su estructura aún no se ha determinado experimentalmente debido a la dificultad de cristalización. La estructura tridimensional fue modelada por el programa MODELLER utilizando la plantilla rh1A que tiene un 33% de identidad. La estructura modelada fue validada usando Procheck y diagrama de Ramachandran. Se encontró que el porcentaje de residuos que se encuentran en las regiones más favorecidas, además de las regiones permitidas, las regiones generosamente permitidas, las regiones no permitidas son 93,3 %, 6,4 %, 0 % y 0,3 %, respectivamente, lo que indica un modelo razonablemente bueno. El factor G general de Procheck y el factor de calidad general del gráfico ERRAT fueron 0,04 y 80,759, respectivamente. El sitio de unión de la proteína del receptor de serotonina se predijo utilizando Q-Sitefinder y los estudios de interacción realizados con el agonista de la serotonina revelaron que los siete residuos de interacción Asp141, Val142, Gln218, Thr227, Ser230, Phe382, Leu405 de la proteína del receptor de serotonina interactúan con la serotonina forma tres enlaces de hidrógeno. Este estudio proporciona una comprensión estructural a nivel atómico de la estructura tridimensional de la proteína del receptor de serotonina del gusano de seda y sus sitios de unión y para dilucidar muchos compuestos de plomo activos prometedores.