Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

La influencia de los errores inherentes en los estudios de asociación amplia del genoma (GWAS) en relación con los modelos de un solo gen

Philip Cooley, Robert F. Clark y Grier Page

Casi mil estudios de asociación amplia del genoma humano (GWAS) han examinado más de 210 enfermedades y rasgos y han encontrado más de 1200 asociaciones SNP. Con tecnologías de genotipado mejoradas y el número creciente de marcadores disponibles, los estudios de asociación del genoma completo (GWAS) de casos y controles se han convertido en una herramienta clave para investigar enfermedades complejas. Este estudio evalúa la influencia del genotipo y los errores de diagnóstico presentes en GWAS mediante el análisis de un conjunto de datos de genes sintéticos que incorpora factores que se sabe que influyen en la medición de la asociación. Se utilizaron métodos de Monte Carlo para generar los datos genéticos sintéticos, que incorporaron factores que incluyen la herencia genética, los niveles de riesgo relativo, la penetración de la enfermedad, la distribución del genotipo, el tamaño de la muestra, así como los dos factores de error que son el foco de este estudio. El conjunto de datos resultante proporciona un conjunto de verdad para evaluar el rendimiento del método estadístico y la sensibilidad de asociación. Si bien se entendió previamente, estos resultados cuantifican y documentan el alcance de la relación entre el genotipo y las medidas de error de diagnóstico y la pérdida de potencia estadística. Nuestros resultados también demuestran que para loci no recesivos de bajo riesgo, los tamaños de muestra en el rango de 1000 - 2000 casos alcanzarán umbrales de potencia del 80 % para niveles de error de tipo I de error de 10-8, incluso con supuestos de error de genotipo y fenotipo realistas. Sin embargo, no se debe subestimar la compensación de la pérdida de poder debido a la presencia de errores de genotipo y diagnóstico al aumentar el tamaño de la muestra. Nuestras estimaciones indican que los requisitos de aumento del tamaño de la muestra están en el rango del 20 % al 40 %, según el modelo de herencia genética asumido.