Inmunoterapia: Acceso Abierto
Acceso abierto

abstracto

La diversidad y heterogeneidad de TCR y BCR en Pan-Cancer

Yu-Bao Chen*, Bo Li1, Wen-Xiang Hu*, Li-Da Xu*, Hui-Xue Tang, Jing Zhang, Jin-Dan Guo

Introducción: Con el desarrollo de la tecnología de secuenciación, RNA-seq se está volviendo cada vez más popular. El método de utilizar la tecnología RNA-seq para analizar el repertorio inmunitario tiene las ventajas de una baja demanda de muestras, un funcionamiento sencillo y una información completa.

Métodos: se descargaron datos de secuenciación de ARN de SRA en NCBI, incluidos 79 pares de muestras de tejidos cancerosos y no cancerosos adyacentes de cuatro tipos de cáncer representativos, según la literatura, se adoptó el software CutAdapt para eliminar adaptadores, bases de código de barras y bases de baja calidad. Se empleó el paquete de software MiXCR para extraer secuencias de receptores del repertorio inmunitario.

Resultados: Los datos de RNA-seq de la base de datos pública se usaron para analizar y comparar las secuencias TCR y BCR del cáncer y los tejidos normales en cuatro tipos de cáncer, incluido el adenocarcinoma de colon, el adenocarcinoma de pulmón y el cáncer de páncreas. adenocarcinoma y adenocarcinoma de estómago. Se encontró que la diversidad clonal de TCR entre varios tipos de cáncer es diferente, y la variedad de BCR entre tejidos cancerosos y tejidos sanos es obvia. Basado en el análisis de secuencias CDR3 no compartidas, el grado de heterogeneidad de TRB es diferentes tipos de cáncer, diferentes individuos con el mismo cáncer, tejidos cancerosos y tejidos paracancerosos del mismo individuo. Además, la correlación entre los niveles de expresión de los cinco genes principales de los puntos de control inmunitarios y el recuento de clones de TCR mostró varias diferencias entre los diferentes tipos de cáncer.

Conclusión: A través del análisis de los repertorios inmunes en tejidos cancerosos y tejidos no cancerosos adyacentes de COAD, LUAD, PAAD y STAD, no se encontraron diferencias significativas en el recuento de TCR y las entropías de Shannon dentro de el mismo tipo de cáncer. Pero existen diferencias significativas en los números de TCR y las entropías de Shannon entre los diferentes tipos de cáncer. Los resultados verifican la ventaja del análisis de RNA-seq para adquirir el repertorio inmunitario individual.