Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

TAP Hunter: un sistema basado en SVM para predecir ligandos TAP utilizando la descripción local de la secuencia de aminoácidos

Tze Hau Lam, Hiroshi Mamitsuka, Ee Chee Ren, Joo Chuan Tong

Antecedentes: El transporte selectivo de péptidos por el transportador asociado con el procesamiento de antígenos (TAP) representa uno de los principales mecanismos candidatos que pueden regular la presentación de péptidos antigénicos a moléculas HLA clase I. Debido a que las preferencias de unión a TAP pueden tener un impacto significativo en la selección de epítopos de células T, existe un gran interés en aplicar técnicas computacionales para descubrir sistemáticamente estos elementos.

Resultados: Describimos TAP Hunter, un sistema computacional basado en la web para predecir péptidos de unión a TAP. Un esquema de codificación novedoso, basado en representaciones de fragmentos peptídicos TAP y efectos de composición, permite la identificación de ligandos TAP de longitud variable utilizando SVM como motor de predicción. El sistema se entrenó y probó rigurosamente utilizando 613 secuencias peptídicas verificadas experimentalmente. Los resultados mostraron que el sistema tiene una buena capacidad de predicción con un área bajo la curva de características operativas del receptor (AROC) >0,88. Además, TAP Hunter se compara con varios predictores de TAP disponibles públicamente y ha mostrado un rendimiento superior o comparable.

Conclusiones: TAP Hunter proporciona una plataforma fiable para predecir la unión de péptidos de longitud variable al transportador TAP. Para facilitar el uso de TAP Hunter a la comunidad científica, se ha desarrollado un servidor web simple, flexible y fácil de usar que está disponible gratuitamente en http://datam.i2r.a-star.edu.sg/taphunter/