Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

El análisis sistemático del proteoma de levadura revela factores de detección de péptidos para espectrometría de masas

Sunhee Jung, Samuel A Danziger, Alexandre Panchaud, Priska von Haller, John D Aitchison y David R Goodlett

Aquí utilizamos un método de adquisición independiente de datos (DIA), Precursor Acquisition Independent from Ion Count (PAcIFIC), para perfilar sistemáticamente el proteoma de S. cerevisiae. El análisis PAcIFIC directo de un lisado de células completas de levadura (WCL) produjo un 90 % de reproducibilidad entre réplicas y detectó aproximadamente 2000 proteínas. Cuando se combinó con el fraccionamiento subcelular, la reproducibilidad fue igualmente alta y el número de proteínas de levadura detectadas se acercó a 5000. Como se señaló anteriormente, este enfoque imparcial de DIA identificó las denominadas proteínas "huérfanas"; péptidos que solo podían detectarse mediante espectros de masas en tándem porque no había iones precursores detectables. Usando este conjunto de datos único, examinamos las características asociadas con la detectabilidad de péptidos y demostramos que era más probable que los huérfanos surgieran de proteínas con un bajo número de copias que de proteínas con un número medio o alto de copias. Finalmente, una investigación sobre por qué algunos huérfanos también surgieron a partir de proteínas con un alto número de copias encontró que, además del número de copias de proteínas, había un sesgo hacia los factores fisicoquímicos asociados con las regiones que flanquean los sitios de escisión proteolítica de los péptidos huérfanos. Esto sugirió que esos péptidos huérfanos que se originaron a partir de proteínas de alta abundancia probablemente fueron el resultado de una liberación de proteasa ineficiente, lo que tiene implicaciones para la proteómica ascendente cuantitativa