Revista internacional de minería de datos biomédicos
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abstracto

Estudios estructurales de receptores acoplados a proteína G mediante simulación de dinámica molecular y estudios de acoplamiento

marlet martinez

Los receptores acoplados a proteína G (GPCR) abordan quizás la proteína más grande en criaturas evolucionadas que asumen un papel crítico en la transmisión de señales externas a la célula interna. Los GPCR pueden ser activados por ligandos, productos químicos y luz, como muchos otros. Los GPCR desempeñan un papel fundamental en un grupo alucinante de capacidades en el cuerpo humano, y la comprensión ampliada de estos receptores ha influido extraordinariamente en la medicación actual. De hecho, los analistas calculan que aproximadamente la mitad de todos los medicamentos anunciados se limitan a los GPCR. Como su nombre lo indica, los GPCR colaboran con las proteínas G en la película de plasma. Cuando un átomo de señalización externo se une a un GPCR, provoca un cambio conformacional en la capa de proteína. Luego, este cambio desencadena la comunicación entre el GPCR y una proteína G cercana. En estos días, los métodos computacionales como las recreaciones de elementos moleculares (MD) abordan un recurso increíble para identificar estos cambios conformacionales que ocurren en las proteínas de la capa como consecuencia de la restricción de ligandos. Por otro lado, la investigación de acoplamiento permite prever no solo la afinidad de los ligandos de la prima sobre las proteínas de la película, sino también reconocer los depósitos que están involucrados con el reconocimiento subatómico en el ciclo limitante. Nuestros trabajos presentan algunas instancias de recreaciones MD de GPCR utilizando el Programa NAMD (2). En este ciclo, hemos utilizado los campos de energía acompañantes, CHARMM22 para proteínas y CHARMM27 para lípidos, y el modelo TIP3 para partículas de agua. Se utilizó trabajador explícito (OPM) para situar las proteínas de la capa en la bicapa lipídica. La investigación primaria se realizó utilizando el Programa Carma. A partir de estos resultados, tuvimos la opción de investigar la solidez de las proteínas, distinguiendo muestras de los depósitos más flexibles y acumulaciones que podrían participar con la medida de reconocimiento subatómica. Además, nuestros resultados permitieron obtener algunas experiencias sobre el plan de medicamentos conocidos o nuevos que se enfocan en estos receptores importantes.