Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Rol estructural del núcleo hidrofóbico en ejemplos seleccionados de proteínas

Banach M, Kalinowska B, Konieczny L y Roterman I

Este artículo analiza la relación secuencia/estructura. La pregunta central se refiere al grado en que secuencias similares producen estructuras similares y viceversa. Se propone un mecanismo por el cual secuencias similares pueden dar como resultado estructuras diferentes, basado en el modelo Fuzzy Oil Drop (FOD) en el que la similitud estructural se estima analizando el núcleo hidrofóbico de la proteína. Mostramos que los cambios locales en las secuencias de aminoácidos, además de producir alteraciones estructurales locales en el sitio de sustitución, también pueden cambiar la forma del núcleo hidrofóbico, afectando significativamente la conformación terciaria general de la proteína. Nuestro análisis se centra en cuatro conjuntos de proteínas: 1) Par de proteínas de diseño con secuencias especialmente preparadas; 2) Par de proteínas naturales modificadas (mutadas) para converger en un punto de identidad de secuencia de alto nivel mientras conservan sus respectivos pliegues terciarios de tipo salvaje; 3) Par de proteínas naturales con ascendencia común pero con diferentes estructuras y perfiles biológicos formados por evolución divergente; y 4) Par de proteínas naturales de alta similitud estructural sin similitud de secuencia y diferente función biológica.