Revista internacional de minería de datos biomédicos
Acceso abierto

abstracto

Conocimientos estructurales de los dominios catalíticos de desacetilasa HDAC6

Yudibeth Sixto-López, Martiniano Bello and José Correa Basurto

Histone Deacetylase 6, tiene un lugar con la familia HDAC de clase II con cualidades primarias especiales ya que tiene dos áreas reactivas de desacetilasa (DD1 y DD2), que están interconectadas por la configuración local del enlazador. Sustrato no histónico desacetilado de HDAC6, por ejemplo, cortactina, α-tubulina, P53, proteína tau, entre otros. La descomposición o liberación de esta proteína se ha relacionado con algunas enfermedades, incluido el crecimiento maligno, las enfermedades de Alzheimer y las infecciones de Parkinson. En consecuencia, se ha planteado como un objetivo farmacológico para el tratamiento de estas infecciones.

A la configuración nuevos medicamentos dirigidos específicamente a HDAC6, es esencial tener información subyacente sobre este catalizador. Por lo tanto, en el examen actual ensamblamos un modelo tridimensional (3D) de DD1 y DD2 limitado por la configuración regional del enlazador, para reconocer las conexiones establecidas específicamente por los inhibidores de HDAC6 y explicar el interés de ambas áreas sinérgicas en el reconocimiento que utilizamos sub -Acoplamiento atómico y poderosos instrumentos subatómicos de recreación.

Como resultados rastreamos que el paso de reactivo de DD1 es más extenso y menos profundo que DD2 con varias piezas de acumulación que podrían usarse incorrectamente para lograr el plan de selectividad de ligando. Por MD recreación y acoplamiento fue posible decidir los depósitos que contribuyen bien al reconocimiento ligando-HDAC6, en DD1 las acumulaciones fueron F105, S173, H215, G224, Y225, H255, W284, K353 y R383 y en DD2 fueron: H500 , P501, S568, P608, H610, H611, H619, F620, H651, F680, P748, L749, E779, E780 y Y782. Por fin, el juego MD descubre algunas diferencias subyacentes en los círculos terminales, la configuración regional del enlazador y círculos vecinos al sitio del reactivo entre el modelo apo-HDAC6 y el ligando-HDAC6.

La histona desacetilasa 6 (HDAC6) está surgiendo como un objetivo para el obstáculo en las metodologías curativas dirigidas al tratamiento de enfermedades malignas, neurodegenerativas y otros problemas. Entre las isoenzimas HDAC subordinadas a metales, HDAC6 es notable porque contiene dos áreas sinérgicas, CD1 y CD2. CD2 es una tubulina desacetilasa y una tau desacetilasa, y la mejora de los inhibidores particulares de HDAC6 se ha centrado solo en este espacio.