Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Base de datos de epítopos estructurales (SEDB): una base de datos basada en la web para el epítopo y su interacción intermolecular junto con la información de la estructura terciaria

Om Prakash Sharma, Arindam Atanu Das, Krishna R, Suresh Kumar M y Premendu P Mathur

Un epítopo es un determinante antigénico. Es una parte del antígeno, que es reconocido por un receptor específico del sistema inmunológico, exclusivamente por anticuerpos, células B o células T. Por lo tanto, el conocimiento molecular exhaustivo de los epítopos tendrá grandes implicaciones para el diseño de vacunas y fármacos. Las bases de datos de epítopos existentes carecen de información estructural completa de los epítopos. Por lo tanto, hemos desarrollado una base de datos de acceso abierto para describir la estructura tridimensional de los epítopos y su interacción con antígenos y anticuerpos. Hemos catalogado 619 estructuras de epítopos del Protein Data Bank y hemos publicado artículos de investigación. Nuestra base de datos proporciona una amplia colección de proteínas de unión a células B, células T y MHC. Para comodidad del usuario, estos epítopos se han clasificado en función de la estructura (epítopo lineal y epítopo discontinuo) y los tipos de células (unión de células B, células T y MHC). Nuestra base de datos incorpora características especializadas de epítopos, incluida la identificación compleja, la secuencia del epítopo, la longitud del epítopo, la posición del epítopo, la información de la fuente, el método de determinación de la estructura, la identificación taxonómica y los residuos de interacción antígeno-anticuerpo. También resume la información estructural de la proteína multidominio, como el nombre de la proteína, el tipo de polipéptido, el nombre de la molécula, la identificación de la cadena, la longitud del fragmento, la longitud de la secuencia y la secuencia de aminoácidos. Además, proporciona la herramienta de visualización Gene-Ontology, MolProbity y Epitope para una comprensión mejor y más clara de la conformación del epítopo y su interacción con la proteína. La interfaz de usuario está vinculada a otras bases de datos públicas como IEDB, UniprotKB, PDB, NCBI y otras bases de datos de epítopos existentes para que sea más informativa. La página web fácil de usar está disponible gratuitamente en la URL http://sedb.bicpu.edu.in.