Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Estandarización del flujo de trabajo de proteómica para cromatografía líquida-espectrometría de masas: consideraciones técnicas y estadísticas

Sudhir Srivastava, Michael Merchant, Anil Rai y Shesh N. Rai

Introducción: Las mediciones cuantitativas basadas en cromatografía líquida (LC) junto con espectrometría de masas (MS) a menudo sufren de la problema de los valores faltantes y la heterogeneidad de los datos debido a la variabilidad técnica. Consideramos un conjunto de datos proteómicos generados a partir de material de biopsia de riñón humano para investigar los efectos técnicos de la preparación de muestras y la MS cuantitativa.

Métodos: Estudiamos el efecto de los métodos de almacenamiento de tejidos (TSM) y los métodos de extracción de tejidos (TEM) en el análisis de datos. Hay dos TSM: congelado (FR) y FFPE (incrustado en parafina fijado en formalina); y tres TEM: MAX, TX seguido de MAX y SDS seguido de MAX. Evaluamos el impacto de diferentes estrategias para analizar los datos considerando la heterogeneidad y los MV. Hemos utilizado el modelo de análisis de varianza (ANOVA) para estudiar los efectos debido a varias fuentes de variabilidad.

Resultados y conclusión: Encontramos que FFPE TSM es mejor que FR TSM. También encontramos que el TEM de un paso (MAX) es mejor que los de los TEM de dos pasos. Además, encontramos que el método de imputación es un mejor enfoque que excluir las proteínas con MV o usar un diseño desequilibrado.