Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Minería del genoma de toda la especie de Pseudomonas putida para la caracterización de posibles metabolitos secundarios y productos naturales similares a fármacos

Sara Aiman, Muhammad Shehroz, Mehwish Munir, Sahib Gul, Mohibullah Shah y Asifullah Khan

Las especies de bacterias gram negativas de Pseudomonas putida (P. putida) son importantes para la expresión heteróloga de diversas rutas biosintéticas y numerosos biosíntesis de metabolitos. Los genes codifican para tales metabolitos secundarios, las proteínas biosintéticas se organizan en genomas microbianos como grupos para lograr la expresión concertada de toda la maquinaria biosintética. Las secuencias completas y completas del genoma de más de cincuenta cepas diferentes disponibles en las bases de datos públicas de secuencias de ADN brindan una excelente oportunidad para investigar el potencial de metabolitos secundarios codificados genéticamente de cepas ecológicamente diversas de P. putida. Implementamos los recursos bioinformáticos avanzados para anotar los genomas de cepas de P. putida disponibles hasta ahora para grupos de genes biosintéticos (BGC) y andamios químicos de metabolitos secundarios subyacentes. Se encuentra que las cepas de P. puida albergan firmas genómicas que codifican la maquinaria molecular para la biosíntesis de diversos metabolitos secundarios. Se encuentra que los BGC correspondientes de estos metabolitos se distribuyen de manera única en diferentes cepas de P. putida, lo que especula sobre su papel en la adquisición de la competencia ecológica de la cepa. La desreplicación de la quimioinformática y la búsqueda en la base de datos de DrugBank revelaron el mimetismo químico de un metabolito putativo con 2, 3, dihidroxibenzoilserina, que media un agotamiento del hierro antibiótico junto con la lipocalina de neutrófilos humanos durante la respuesta inmunitaria innata.