Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Escáner de ARNip: una herramienta basada en lógica difusa para el diseño de ARN de interferencia pequeño

Vijayakumar Saravanan y Piramanaygam Shanmughavel

El descubrimiento del ARN de interferencia corto ha admitido el desarrollo de métodos fáciles de regular para interrumpir la expresión génica. Sin embargo, este método continúa creciendo en popularidad, el diseño de siRNA efectivo puede ser exigente. Así que hemos desarrollado siRNA Scanner, un programa de selección de siRNA que selecciona automáticamente el ARN pequeño de interferencia de las secuencias de ARN dadas. siRNA Scanner utiliza un sistema basado en lógica difusa para calcular las cualidades de siRNA. Este programa está totalmente integrado en el lenguaje de informe de extracción práctica (PERL 5.8.8.6 Build 820) y se puede acceder a él en una interfaz de línea de comandos. El alto rendimiento de siRNA Scanner, la interacción mínima con el usuario y su algoritmo rápido hacen que este programa sea útil para seleccionar ARN de interferencia pequeño para estudios de expresión génica.