Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto
ISSN: 0974-276X
ISSN: 0974-276X
Ngo Tat Trung, Rudolf Engelke y Gerhard Mittler
El motivo TMTCGCGANR (siendo M C o A, siendo R A o G y N cualquier nucleótido) llamado M8 se descubrió como un elemento regulador cis putativo presente en 368 promotores de genes humanos. De estos, 236 (64%) están conservados dentro de secuencias promotoras de cuatro organismos relacionados: humanos, ratones, ratas y perros. Sin embargo, aún no se han descrito factores de transcripción (TF) que interactúen con el motivo M8. Anteriormente informamos sobre el uso de proteómica cuantitativa junto con la purificación por afinidad de ADN en un solo paso como un medio de detección de TF asociados con elementos de ADN funcionales dados. El procedimiento se realiza in vitro empleando extractos nucleares marcados con SILAC y haciendo uso de motivos reguladores en cis bien caracterizados. Partiendo de eso, en este estudio hemos combinado nuestro método con el análisis estadístico para filtrar los falsos positivos de los experimentos desplegables de afinidad de ADN de un solo paso. Esto resultó en la identificación de la proteína 1 que contiene el dominio BED con dedos de zinc (ZBED1), el factor de transcripción de globina alfa CP2 (TFCP2), la proteína de unión aguas arriba 1 (UBP) y el factor de transcripción CP2 similar a 1 (TFCP2L1), como factores de interacción M8 específicos. Validamos nuestra pantalla demostrando la unión in vivo del factor de transcripción de globina alfa TFCP2 a genes seleccionados que albergan promotores que contienen M8 utilizando ensayos ChIP (inmunoprecipitación de cromatina). Esto no solo implica un papel funcional de las proteínas anteriores en la regulación de los genes que contienen el motivo M8, sino que también sugiere el uso potencial de nuestro enfoque para descifrar las interacciones proteína-ADN que ocurren en las células vivas.