Revista internacional de minería de datos biomédicos
Acceso abierto

abstracto

Shikimato quinasa de Yersinia pestis: secuencia, análisis estructural y funcional

Neelima Arora, Mangamoori Lakshmi Narasu y Amit Kumar Banerjee

Yersinia pestis, el organismo causante de la peste, es ampliamente reconocido como una amenaza potencial de bioterrorismo. Debido a la ausencia de homólogos en humanos, la Shikimate Kinase (SK) se considera un excelente objetivo farmacológico en varios parásitos bacterianos y protozoarios. Amplias evidencias bibliográficas confirman la idoneidad de esta proteína como una buena diana. Por lo tanto, la vía Shikimate Kinase de Shikimate en Yersinia pestis representa un objetivo farmacológico atractivo. En el presente estudio, se llevó a cabo un enfoque de agrupación para seleccionar el representante adecuado de las secuencias de Shikimate Kinase pertenecientes a Yersinia pestis para la determinación de la estructura. Se generaron modelos tridimensionales de la enzima para KFB61218.1 (SK1), EFA47400.1 (SK2) y WP_016255950.1 (SK3) utilizando un enfoque de modelado molecular comparativo en el que se desarrollaron estructuras utilizando la plantilla específica única, así como múltiples estrechamente plantillas asociadas. Se evaluó la calidad estereoquímica de las estructuras de Shikimate Kinase desarrolladas mediante modelos comparativos mediante diversas herramientas de validación estructural. Los resultados de las herramientas de evaluación estructural indicaron una calidad razonablemente buena de los modelos.