Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Compartir datos de una muestra biológica del centro académico del cáncer y de las instalaciones centrales de proteómica a través de Proteómica Data Commons

Peter McGarvey, Ratna R Thangudu, Junfeng Ma, Ci Wu, Shabeeb Kannattikuni, Krysta M Chaldekas, Deborah L Berry, Alicia Francis, Deepak Singhal, Paul A Rudnick, Anand Basu, Subha Madhavan

El intercambio de datos es fundamental para la ciencia abierta y, a menudo, lo requieren las organizaciones de financiación y las revistas. El NCI ha desarrollado Proteómica Data Commons (PDC) como parte de Cancer Research Data Commons, una infraestructura que permite usuarios para compartir, analizar y almacenar resultados, utilizando los recursos informáticos y de almacenamiento de la nube. Hasta la fecha la mayoría de los datos disponibles en los diversos Data Commons provienen de grandes programas de investigación de múltiples instituciones financiado por el NCI con equipos de especialistas de múltiples disciplinas científicas. Aquí describimos nuestras experiencias. y resumir las mejores prácticas recomendadas para compartir un conjunto de datos de proteómica y muestras biológicas relacionadas y analiza los resultados de estudios de proteómica a menor escala realizados en una instalación central de un centro médico académico utilizando muestras de pacientes de adenocarcinoma de pulmón. Mapear y depositar datos de la manera descrita aquí armoniza los datos del usuario a un modelo de datos común y estándares de la comunidad, lo que hace posible ver los datos junto con otros estudios de cáncer de alto valor disponibles en el PDC.

Disponibilidad: Los datos, metadatos, protocolos con identificaciones de péptidos y proteínas están disponibles en el PDC. (https:// pdc.cancer.gov/pdc/study/PDC000231).