Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Perfiles de péptidos séricos de pacientes con distrofia muscular de Duchenne (DMD) evaluados mediante estrategias de manejo de datos para contenido de alta resolución

Vishna D Nadarajah, Bart JA Mertens, Hans Dalebout, Marco R Bladergroen, Sharmini Alagaratnam, Penny Garrood, Kate Bushby, Volker Straub, André M Deelder, Johan T den Dunnen, Gert-Jan B van Ommen, Peter AC ‘t Hoen y Yuri EM van der Burgt

La precisión del análisis basado en espectrometría de masas (MS) de péptidos en mezclas biológicas complejas mejora con el uso de instrumentación de alta resolución. Sin embargo, el contenido de alta resolución plantea desafíos para el procesamiento de datos y el análisis estadístico. Aquí, se evaluaron tres estrategias diferentes de manejo de datos con respecto al rendimiento de la clasificación utilizando una cohorte bien definida de muestras de suero de pacientes y controles con distrofia muscular de Duchenne (DMD). Para este propósito, las muestras de suero se purificaron utilizando un protocolo de extracción en fase sólida (SPE) basado en perlas magnéticas C18 de fase reversa (RP). Los perfiles de péptidos resueltos isotópicamente se adquirieron en un espectrómetro de masas de tiempo de vuelo de desorción/ionización láser asistida por matriz (MALDI-TOF) y se examinaron utilizando el espectro de masas completo o después de seleccionar picos entre 1000 <m/z<4000 seguidos por filtrado de datos o integración de datos. Para identificar los péptidos discriminativos, se aplicó el análisis de regresión logística lineal (LRA) con validación doble cruzada para cada método. La estrategia de integración de datos dio como resultado la tasa de error de clasificación más baja, mientras que el uso de datos filtrados o de perfil completo dio tasas de error más altas. A partir de esto se concluyó que los métodos de selección de picos pueden aumentar el poder de discriminación, sin embargo, con la posible desventaja de la pérdida de péptidos potencialmente interesantes. Se encontraron siete péptidos mediante los tres métodos cuando se consideraron los 15 péptidos discriminantes principales. El análisis de correlación de péptidos discriminativos mostró fuertes asociaciones entre péptidos de diferentes valores de m/z, lo que sugiere que la lista de péptidos discriminativos reflejaba un grupo más pequeño de proteínas. Se requieren estudios de validación que utilicen cohortes de pacientes más grandes para una evaluación estadística adicional de estos resultados.