Revista internacional de minería de datos biomédicos
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abstracto

Características de la secuencia y técnica de selección de subconjuntos para la predicción del fenómeno del tráfico de proteínas en proteínas eucariotas que no son de membrana

Geetha Govindan y Achuthsankar S Nair

El tráfico de proteínas o la clasificación de proteínas es el mecanismo por el cual una célula transporta proteínas a la posición adecuada dentro o fuera de la célula. Esta orientación se basa en la información contenida en la proteína. Muchos métodos predicen la ubicación subcelular de proteínas en eucariotas a partir de la información de la secuencia. Sin embargo, la mayoría de estos métodos utilizan una estructura plana para realizar la predicción. En este trabajo, presentamos métodos de conjunto para predecir ubicaciones en la vía jerárquica de clasificación de proteínas eucariotas sin membrana. Utilizamos características que se extrajeron exclusivamente de secuencias de proteínas de longitud completa con selección de subconjuntos de características para la clasificación. Las funciones impulsadas por secuencias, las funciones mapeadas de secuencias y las funciones de autocorrelación de secuencias se probaron con aprendices de conjuntos y se compararon las actuaciones del clasificador con y sin la técnica de selección de subconjuntos de funciones. Este estudio muestra que las nuevas características extraídas de secuencias completas de proteínas eucariotas son efectivas para capturar características biológicas entre compartimentos en vías eucariotas sin membrana en dos niveles. Las técnicas de selección de subconjuntos de características ayudaron a reducir el tiempo necesario para construir el modelo de clasificación.