Revista de Oftalmología Clínica y Experimental
Acceso abierto

abstracto

Detección del gen RB1 en pacientes argelinos y predicción de la patogenicidad de las variaciones mediante análisis in silico

Amina Mama Boubkeur, Lotfi Louhibi, Meriem Abdi, Fatima Zohra Moghtit, Nacera Tabet Aoul, Rym Abderrahmane, Khadija Mahmoudi, Meriem Aberkane y Nadhira Saidi-Mehtar

El retinoblastoma es un tumor retiniano pediátrico iniciado por la inactivación bialélica del gen del retinoblastoma (RB1). La mayor parte de la alteración es única y está distribuida aleatoriamente por toda la región de codificación. Este estudio tuvo como objetivo, en primer lugar, identificar mutaciones que puedan afectar al gen RB1 a nivel constitucional y que contribuyan al conocimiento de la patogenia molecular de esta enfermedad y a la detección precoz de sujetos de riesgo y portadores asintomáticos. La detección de variaciones en el ADN de 30 pacientes se realizó mediante cromatografía líquida de alta resolución (HPLC) seguida de secuenciación. En segundo lugar, desarrollamos un protocolo de análisis in silico utilizando diferentes softwares basados en métodos analíticos (Align GVGD, Mutation Tasting, SIFT, PolyPhen, I-Mutant y KD4V) y estructurales (Swiss-Pdb Viewer). Este protocolo se utilizó para predecir los efectos nocivos de las mutaciones en la proteína pRb. El espectro de mutación incluía 2 mutaciones sin sentido, 1 mutación sin sentido, 1 deleción, 1 mutación que afectaba el sitio de empalme y 2 polimorfismos. Entre estas mutaciones, algunas se identificaron a nivel germinal en niños sin antecedentes familiares de la enfermedad. Por lo tanto, el análisis in silico identificó solo tres mutaciones causales, la primera mutación intrónica en el sitio donante de empalme probablemente causó un cambio de marco, dando lugar a una proteína truncada. Se predijo que la segunda mutación sin sentido c.1903 G˃C afectaría los procesos de empalme. La tercera mutación c.1961T>A ubicada en el exón 20 puede alterar la función y la estructura de la proteína.
En este estudio, el análisis in silico ha demostrado el efecto de las mutaciones en la estructura y función de la proteína. Es interesante comparar estos resultados con otros estudios funcionales para evaluar la funcionalidad de las mutaciones.