Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Detección y predicción funcional de proteínas hipotéticas conservadas de Escherichia coli

William F Porto, Simone Maria-Neto, Diego O Nolasco and Octavio L Franco

Las estructuras proteicas pueden proporcionar algunas evidencias funcionales. Por lo tanto, los esfuerzos de la genómica estructural para identificar las funciones de proteínas hipotéticas han traído avances en nuestra comprensión de los sistemas biológicos. Con este fin, aquí se describió una nueva estrategia para extraer bases de datos de proteínas en la búsqueda de candidatos para la predicción de funciones. La estrategia se aplicó a las proteínas de Escherichia coli depositadas en la base de datos no redundante del NCBI. Brevemente, la minería de datos selecciona pequeñas proteínas hipotéticas conservadas sin plantillas significativas en Protein Data Bank, sin regiones transmembrana y con similitud con las proteínas eucariotas. A través de esta estrategia, se seleccionaron 12 secuencias de proteínas para el modelado molecular, de un total de 13.306 secuencias hipotéticas conservadas de E. coli. A partir de estos, solo se pudieron modelar tres secuencias. El modelo GI 488361128 fue similar a las cupredoxinas, el modelo GI 281178323 fue similar a las proteínas barril β y el modelo GI 227886634 mostró similitudes estructurales con las proteínas de unión a lípidos. Sin embargo, solo el GI 227886634 parece tener una función relacionada con las estructuras similares, ya que fue la única estructura que mantuvo el pliegue durante la simulación de dinámica molecular. El método aquí descrito puede ser relevante para seleccionar secuencias hipotéticas que pueden ser objetivos para la caracterización funcional in vitro y/o in vivo.