Revista internacional de minería de datos biomédicos
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abstracto

Reproductive medicine in the era of high- throughput technologies

Ahmed Aldarmahi

La proteómica es un campo impulsado por la innovación. El deseo es distinguir, medir y encuestar la condición de alteración postraduccional y cómplices de asociación para cada proteína en la célula. La investigación del proteoma se ve exacerbada por la enorme variedad de enfoque único de las proteínas en el estado celular. El efecto del alto rendimiento, por ejemplo, la proteómica basada en espectrometría de masasen el campo de la medicación anticonceptiva se ha hecho últimamente. Se ha aplicado mucho esfuerzo para crear y mejorar las estrategias de preparación para que las pruebas proteómicas tengan la opción de identificar las proteínas poco abundantes. Una cura fraccionada es drenar las pruebas proteómicas. Examinamos dos métodos para la limpieza y la limpieza de los proteomas secretores del cuerno uterino y oviductal en el marco de cultivo celular esencial. Descubrimos que no se observó una gran diferencia en la cantidad de puntos reconocidos entre los ejemplos organizados por el procedimiento de precipitación de CH3)2CO y los preparados por unidad de negocio . Las pruebas de proteínas se sometieron a cromatografía de fluidos de comercio de cationes sólidos (SCX) para fraccionar las pruebas de proteínas significativas. Prueba reconocible de proteína porLa espectrometría de masas descubrió un reconocimiento notable de proteínas poco abundantes en contraste con proteínas muy abundantes. Se ha construido y examinado un modelo in silico de asociación de gametos con lotes femeninos de concepción. Nuestros descubrimientos demostraron que el oviducto reconoce diversas sustancias no propias al producir una reacción explícita a cada elemento. Los análisis futuros deben coordinarse para comprender el componente táctil utilizado por el oviducto para reconocer los espermatozoides de otras sustancias dentro de la trama regenerativa femenina.

Para obtener el imperativo cuerpo polar de ADN en etapa temprana, se puede utilizar blastómero o trofectodermo (TE). La prueba en el día 5 permite una biopsia del TE. El mosaicismo sigue siendo un problema si la biopsia se realiza el día 3. Dado que lleva más tiempo realizar la prueba, se obtienen biopsias del día 5, esta metodología requiere la criopreservación electiva de los organismos no desarrollados y pasar a un ciclo posterior. Con numerosas instalaciones en estos días volviéndose capaces de innovación en vitrificación, la biopsiay la vitrificación de organismos/blastocistos sin desarrollar biopsiados ofrece una alternativa razonable. En un estudio complementario inminente en curso, Schoolcraft et al. (2010) utilizaron CGH en blastocistos del día 5, que luego se vitrificaron y movieron en un ciclo resultante. Lograron ritmos de implantación y embarazo de 68,9% y 82,2%, por separado.

El informe más reciente de CGH convencional aplicado a organismos humanos sin desarrollar en fase inicial se registró hace unos 10 años. Para decidir cómo duplicar números, contrastar con una prueba de referencia (control): El ADN de referencia y de ejemplo se marcan con pruebas fluorescentes de varios tonos (verde y rojo). El examen de fragmentos de ADN humano más grandes (de 100 a 200 kb de tamaño) fusionados en clones de BAC da como resultado exhibiciones de BAC, mientras que las porciones de ADN más pequeñas (~60 nucleótidos) establecen grupos de oligonucleótidos (oligo). Los dos ejemplos se aplican para inmovilizar el ADN en la exposición y se empatan las sucesiones correspondientes. Cuando no haya un ajuste en el número duplicado de la disposición en la prueba, habrá un oficial equivalente de prueba y una prueba de ADN de referencia, y las medidas equivalentes de fluorescencia verde y roja proporcionarán un sombreado de flujo de salida combinado neto (amarillo).

Para agrupaciones donde ha habido una duplicación en la prueba, habrá más fluorescencia verde que roja y una descarga verde general; por otro lado, las cancelaciones provocarán una disminución del grado de fluorescencia verde en comparación con la fluorescencia roja de la prueba de referencia y una salida neta de luz roja. Mediante el uso de aparatos de bioinformática , la proporción de fluorescencia de verde a rojo para cada fragmento de ADN se planifica en el cromosoma, lo que genera un perfil de grupo. Se encuentra disponible una variedad de etapas de microarrays-CGH. Por ejemplo, la organización con sede en Cambridge BlueGnome ofrece una convención CGH basada en grupos que permite el examen de cuerpos polares (PB) biopsiados dentro de las 11 h. Una prueba de investigación estándarfue completado por Geraedts et al. además, Magli et al. para decidir la calidad inquebrantable de un tipo electivo de PGS, es decir, PGS por biopsia PB, con intensificación del genoma completo (WGA) y examen de exposición CGH basado en microarrays. Se aplicó Cluster CGH en los cuerpos polares primero y segundo para evaluar los números duplicados. Luego, el cigoto de comparación también se preparó mediante la muestra CGH para investigaciones de concordancia en los casos en que los PB se consideraron aneuploides. La investigación supuso que el estado de ploidía de un cigoto se puede anticipar con sólida exactitud mediante el examen CGH de las dos PB. Una desventaja significativa de la biopsia de cuerpo polares que esta metodología no identificará las aneuploidías que ocurren durante la meiosis II y las que surgen del lugar de nacimiento paterno. Por otro lado, la biopsia del organismo incipiente y el examen de CGH pueden combinarse con la criopreservación.

Una célula de un organismo no desarrollado contiene aproximadamente 6 pg de ADN. Se requiere una contribución subyacente de muchos nanogramos de ADN para cualquier técnica de agrupación. Posteriormente, se utiliza la técnica WGA para examinar la CNV de una sola célula del genoma. Los enfoques WGA pueden ser estrategias basadas en PCR o no basadas en PCR (isotérmicas), por ejemplo, convención de preamplificación de expansión preliminar, PCR preparada con oligonucleótidos degenerados, varias mejoras de desalojo (MDA) (no basadas en PCR). El último parece tener algunas preferencias notables en contraste con los anteriores. El último resultado de MDA es de longitud y honestidad adecuadas, y la longitud normal del elemento es >10 kb. Además de la técnica MDA, OmniPlex es una metodología valiosa para obtener ADN adecuado a partir de una cantidad limitada de pruebas para el diagnóstico hereditario.[79] GenomePlex (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO 63103, EE. UU.) - Innovación WGA dependiente de la discontinuidad arbitraria no enzimática del ADN genómico. El GenomePlex WGA considera una intensificación rápida y excepcionalmente delegada de hasta 1000 pliegues del ADN genómico a partir de pruebas de seguimiento tan escasas como 10-100 ng. En este marco, el ADN genómico se expone a una fractura compuesta irregular seguida de una progresión de aumentos de base isotérmicos arriesgados para cambiar las piezas de ADN posteriores en una biblioteca amplificable, llamada Biblioteca OmniPlex. Luego, la biblioteca OmniPlex se expone a la intensificación habitual utilizando bases completas y un número determinado de ciclos. Para cumplir con los requisitos previos de alto rendimiento para la mejora de las pruebas de ADN genómico, se ha creado una estrategia robotizada utilizando la estación de trabajo Biomek FX.clúster BAC del genoma con un objetivo medio de 0,5-1 Mb.

Un examen excepcionalmente en curso muestra el uso clínico de la tecnología CGH de exhibición para al mismo tiempo detectar organismos incipientes de transportadores de movimiento tanto proporcionales como robertsonianos en busca de subordinados de movimiento asimétrico, así como el estado de aneuploidía de cada uno de los 24 cromosomas. El examen, que incluyó 28 ciclos de determinación hereditaria preimplantacional (PGD), permitió la fundación de embarazos cromosómicamente ajustados en 12 parejas. Se lisaron las células biopsiadas de los organismos no desarrollados del día 3 y el ADN se intensificó mediante WGA. Luego, los elementos de WGA fueron manejados por el grupo CGH utilizando exhibiciones 24sure (BlueGnome, Cambridge). A continuación, se eligieron organismos incipientes euploides para moverse el día 5 de un ciclo similar.

FF presenta mucha intriga dado que la investigación proteómica de este ejemplo es más simple y no intrusiva.

FF presenta un diseño de proteínas más sencillo que las células físicas, lo que simplifica la investigación proteómica . Sin embargo, tiene un inconveniente relacionado con la abundancia de claras de huevo, inmunoglobulina y otras proteínas séricas abundantes. Estas proteínas cubren las proteínas menos abundantes y dificultan la investigación . Posteriormente, se debe ejecutar un paso de evacuación del motor de arranque.