Revista de cromatografía y técnicas de separación
Acceso abierto
ISSN: 2157-7064
ISSN: 2157-7064
Mastrobuoni G, Zasada C, Bindel F, Aeberhard L y Kempa S
La interacción entre resolución, precisión, sensibilidad y velocidad del espectrómetro de masas, así como la complejidad de la mezcla de péptidos en relación con la separación cromatográfica y el análisis el tiempo finalmente determina el número de proteínas identificadas dentro de una ‘escopeta’ estudio proteómico. La mejora de uno de estos parámetros puede mejorar la calidad del análisis del proteoma. Aquí evaluamos la técnica de enfoque isoeléctrico en solución (IEF) para el fraccionamiento previo de péptidos trípticos antes del análisis proteómico basado en LC-MS/MS. El IEF en solución resultó ser un método simple y rápido para el fraccionamiento de péptidos antes del análisis LC-MS. Al adaptar los procedimientos experimentales, este enfoque permitió la identificación de más de 44 000 péptidos pertenecientes a 5800 proteínas en menos de 48 horas de trabajo, desde la extracción de proteínas hasta el final del análisis LC-MS. Esta técnica se aplicó con éxito para analizar los proteomas de células de mamíferos y diferentes organismos modelo, sin esfuerzos adicionales ni equipos técnicos especiales. El IEF en solución de péptidos es muy robusto y se puede aplicar en combinación con diferentes procedimientos de extracción. El alto número de péptidos identificados usando un sistema LC-MS estándar condujo a una cobertura de proteína promedio del 25%. Un número promedio tan alto de péptidos identificados por proteína mejoró la discriminación de especies de proteínas como isoformas o variantes de corte y empalme. Por lo tanto, el IEF en solución es una alternativa rápida y sólida a la proteómica basada en gel u otras técnicas de fraccionamiento sin gel aguas arriba del análisis LC-MS/MS. La reducción del tiempo de procesamiento y el alto rendimiento de esta técnica pueden acelerar significativamente los análisis de proteómica profunda.