Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Diafonía inducida por radiación entre microARN y proteínas del Endotelio: Análisis in silico

Arundhathi Sriharshan, Anne Kraemer, Michael J Atkinson, Simone Moertl y Soile Tapio

La radiación ionizante causa daño a varios niveles en la célula expuesta. La lesión inicial y la respuesta celular resultante al daño implican una diafonía compleja entre los reguladores de las vías de señalización y reparación del reconocimiento de la respuesta al daño del ADN. Se requiere investigación a nivel de sistema para obtener más información sobre estas vías. En este estudio, hemos utilizado un método in silico para conectar las redes alteradas de proteoma y miRNAoma después de la exposición a la radiación mediante el uso de la herramienta Ingenuity Pathway Analysis y una verificación adicional de las coincidencias de secuencias de semillas mediante la búsqueda manual en microrna.org, mirDB, mirwalk, miRBase y Targetscan. bases de datos La célula endotelial se utilizó como sistema modelo ya que el endotelio es uno de los principales sistemas celulares dañados por la radiación ionizante. El análisis de interacción reveló que los cambios a nivel de miARN ocurren poco después de la irradiación (4 y 12 horas) y, por lo tanto, a menudo preceden a las alteraciones en el proteoma que en su mayoría tienen lugar más tarde (24 horas). Las dos redes están estrechamente entrelazadas, lo que enfatiza el papel regulador de los miARN en la expresión de proteínas. Además de las vías bien descritas de la respuesta a la radiación inicial, como el estrés oxidativo y la disfunción mitocondrial, en la respuesta endotelial participan vías adicionales como la señalización Rho (GTPasas de la familia Rho, Rho GDI y RhoA). En conclusión, el análisis in silico presentado aquí es una herramienta valiosa para la identificación de objetivos de radiación y biomarcadores para una mayor validación. Además, se puede utilizar para cualquier modelo celular o tisular de interés.