Revista internacional de minería de datos biomédicos
Acceso abierto

abstracto

Relación cuantitativa entre actividad estructural y acoplamiento molecular de los inhibidores de la quinasa Pim-1

Rathod H

QSAR se ha establecido como un medio importante de detección virtual. El análisis computacional de numerosas moléculas de fármacos ayudó a la instalación a seleccionar de manera significativa las específicas para su uso y experimentación posteriores. En este estudio, se realizaron simulaciones asociadas a la relación estructura-actividad cuantitativa tridimensional (3D-QSAR) y se desarrollaron modelos estocásticos considerando 55 moléculas de derivados de hidroxiflavanona, thaizolidene2, 4-diona y piridona contra el sitio de inserción proviral del virus de la leucemia murina moloney. Como parte del estudio, se realizó un análisis de campo molecular (MFA) junto con un análisis de superficie del receptor (RSA). Además, la capacidad de generalización del modelo desarrollado se validó rigurosamente utilizando 12 moléculas de prueba. Se realizaron ejercicios de acoplamiento molecular para analizar la estructura de la proteína utilizando la estructura cristalina de la quinasa PIM-1. Se obtuvo una buena correlación entre las puntuaciones de condición física predichas y las actividades observadas. Se encontró que la presencia de los grupos hidroxilo en el anillo B en lugar de un anillo era crucial y desempeñaba un papel importante para la actividad del compuesto. La sustitución del anillo B mostró una actividad mejorada en este escenario. Además, el coeficiente del descriptor estérico presente cerca de la posición orto del grupo amina N4 indica que cualquier grupo estérico aumenta la actividad. GOLD se utilizó para el acoplamiento molecular de 55 moléculas consideradas como objetivo del sitio de unión de PIM-1 ATP. Las puntuaciones de condición física predichas basadas en GOLD mostraron una excelente correlación con las observaciones encontradas en los resultados experimentales disponibles.