Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Proteómica cuantitativa utilizando tejidos de biopsia incluidos en parafina y fijados en formalina en enfermedades inflamatorias

Abhimanyu Amarnani, Joseph R. Capri, Puneet Souda, David A. Elashoff, Ivan A. Lopez, Julian P. Whitelegge*, Ram R. Singh*

Antecedentes: Las investigaciones sobre la patogénesis de enfermedades humanas se han visto obstaculizadas debido a la escasez de acceso a tejidos frescos congelados (FFT ) para su uso en metodologías globales basadas en datos. Como alternativa, los tejidos fijados en formalina e incluidos en parafina (FFPE) están fácilmente disponibles en los bancos de patología. Sin embargo, el uso de formalina para la fijación puede conducir a la pérdida de proteínas que aparecen durante la inflamación, introduciendo así un sesgo de muestra inherente. Para abordar esto, comparamos la proteómica de tejido FF y FFPE para determinar si el tejido FFPE se puede usar de manera efectiva en enfermedades inflamatorias.

Métodos: Cortes de riñón adyacentes de ratones con lupus nefrítico se procesaron como FFPE o FFT. Sus lisados de tejido se procesaron juntos mediante un flujo de trabajo de proteómica que incluía la preparación de muestras asistida por filtros, el etiquetado de isótopos de dimetilo en solución, el fraccionamiento StageTip y nano-LC MS/MS a través de un Orbitrap XL MS.

Resultados: Informamos una concordancia de >97 % en la identificación de proteínas entre FFPE y FFT adyacentes en riñones con lupus nefrítico murino. Específicamente, las proteínas que representan vías, a saber, "lupus eritematoso sistémico", "interferón-α", "TGF-β" y "matriz extracelular", se cuantificaron de forma reproducible entre FFPE y FFT. Sin embargo, entre el 12 % y el 29 % de las proteínas se cuantificaron de manera diferente en FFPE en comparación con FFT, pero las diferencias fueron constantes en todos los experimentos. En particular, ciertas proteínas representadas en vías, incluida la ‘respuesta inflamatoria’ y ‘sistema inmunitario innato’ se cuantificaron menos en FFPE que en FFT. En un estudio piloto de tejidos FFPE humanos, identificamos proteínas relevantes para la patogenia en biopsias de riñón con lupus nefrítico en comparación con riñones de control.

Conclusión: Este es el primer informe de proteómica renal de nefritis lúpica utilizando tejido FFPE. Llegamos a la conclusión de que los tejidos FFPE archivados se pueden usar de manera confiable para análisis proteómicos en enfermedades inflamatorias, con la advertencia de que ciertas proteínas relacionadas con la inmunidad y la inflamación pueden cuantificarse menos en FFPE que en FFT.