Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Motivos cuantitativos de unión de péptidos para 19 moléculas de MHC de clase I humanas y de ratón derivadas de bibliotecas de péptidos combinatorios de exploración posicional

John Sidney, Erika Assarsson, Carrie Moore, Sandy Ngo, Clemencia Pinilla, Alessandro Sette y Bjoern Peters

Antecedentes: se ha demostrado anteriormente que las bibliotecas de péptidos combinatorios son una herramienta útil para caracterizar la especificidad de unión de las moléculas de MHC de clase I. En comparación con otras metodologías, como la secuenciación de grupos o la medición de las afinidades de péptidos individuales, el uso de bibliotecas combinatorias de exploración posicional proporciona una caracterización de referencia de la especificidad molecular del MHC que es rentable, cuantitativa e imparcial. Resultados: Aquí, presentamos una aplicación a gran escala de esta tecnología a 19 alelos de clase I humanos y de ratón diferentes. Estos incluyen alelos muy bien caracterizados (p. ej., HLA A*0201), alelos con pocos datos previos disponibles (p. ej., HLA A*3201) y alelos con informes previos contradictorios sobre especificidad (p. ej., HLA A*3001). Para todos los alelos, las bibliotecas combinatorias de escaneo posicional pudieron dilucidar distintos patrones de unión definidos con un enfoque uniforme, que ponemos a su disposición aquí. Presentamos un método heurístico para traducir estos datos en definiciones clásicas de posiciones de anclaje principal y secundaria y sus residuos preferidos. Finalmente, validamos que estas matrices se pueden usar para identificar péptidos de unión a MHC candidatos y epítopos de células T en los sistemas de virus vaccinia y virus de la influenza, respectivamente. Conclusión: estos datos confirman, a gran escala, incluidos 15 alelos de clase I humanos y 4 de ratón, la eficacia del enfoque de biblioteca combinatoria de exploración posicional para describir la especificidad de unión de MHC de clase I e identificar péptidos de unión de alta afinidad. Se demostró que estas bibliotecas son útiles para identificar posiciones de anclaje primarias y secundarias específicas y, por lo tanto, motivos más simples, análogos a los descritos por otros enfoques. El presente estudio también proporciona matrices útiles para predecir aglutinantes de alta afinidad para varios alelos para los cuales las descripciones cuantitativas detalladas de la especificidad de unión no estaban disponibles previamente, incluidos A*3001, A*3201, B*0801, B*1501 y B*1503.