Medicina Traslacional
Acceso abierto

abstracto

Detección cuantitativa y sensible de amplificaciones del genoma del cáncer a partir de tumores incluidos en parafina fijados en formalina con PCR digital de gotas

Lincoln Nadauld, John F Regan, Laura Miotke, Reet K Pai, Teri A Longacre, Shirley S Kwok, Serge Saxonov, James M Ford1 y Hanlee P Ji*

Para el análisis del cáncer, existe un gran interés en la detección rápida y precisa de amplificaciones del genoma del cáncer que contienen oncogenes que son posibles dianas terapéuticas. La gran mayoría de las muestras de tejido canceroso se fijan en formalina y se incluyen en parafina (FFPE), lo que permite el examen histopatológico y el archivo a largo plazo. Sin embargo, el ADN genómico del cáncer de FFPE a menudo se degrada y, en general, es un sustrato deficiente para muchos ensayos de biología molecular. Para superar los problemas de mala calidad del ADN de las muestras FFPE y detectar amplificaciones del número de copias oncogénicas con alta precisión y sensibilidad, desarrollamos un enfoque novedoso. Nuestro ensayo requiere cantidades de nanogramos de ADN genómico, lo que facilita el estudio de pequeñas cantidades de muestras clínicas. Mediante la PCR digital de gotas (ddPCR), podemos determinar el número relativo de copias de loci genómicos específicos, incluso en presencia de tejido normal entremezclado. Utilizamos una serie de diluciones de control para determinar los límites de detección del ensayo ddPCR e informar sobre su sensibilidad mejorada en cantidades mínimas de ADN en comparación con el estándar. PCR en tiempo real. Para desarrollar este enfoque, diseñamos un ensayo para los genes del receptor 2 del factor de crecimiento de fibroblastos (FGFR2) que se amplifica en los cánceres gástrico y de mama, así como en otros. Utilizamos con éxito ddPCR para determinar las amplificaciones de FGFR2 de los adenocarcinomas gastrointestinales preservados con FFPE.