Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Control de calidad de los datos del perfil de expresión

Mikhail Soloviev y Andrew Timothy Milnthorpe

El perfil de expresión es una herramienta popular para estudiar los niveles de expresión génica, pero las bibliotecas’ los orígenes y la calidad de los datos a menudo están mal anotados o contienen errores. Las técnicas experimentales, las anotaciones de la biblioteca y los algoritmos de análisis varían entre laboratorios y pueden contener errores. Los métodos de análisis tradicionales, incluida la investigación sobre la expresión específica de tejidos, suponen que los niveles de expresión son correctos y que las bibliotecas están correctamente anotadas, lo que no siempre es así. Por lo tanto, las herramientas capaces de evaluar la calidad de múltiples tipos de datos de expresión usando solo los datos serían invaluables para el control de calidad de esos datos y la aclaración de su idoneidad para el análisis de expresión. Aquí comparamos y revisamos más de 20 métodos y nos centramos en una serie de desarrollos clave en el campo. También destacamos la aplicación de nuevos métodos de control de calidad ideados recientemente y mostramos ejemplos de aplicaciones de las matrices de expresión de control de calidad (QCEM) recientemente desarrolladas para el análisis y control de calidad de los datos SAGE. El ejemplo descrito incluye la aclaración de la identidad tisular correcta y muestra que el estado de la enfermedad para las bibliotecas de expresión creadas mediante una variedad de métodos de creación de perfiles de expresión podría dilucidarse fácilmente. Los métodos de control de calidad novedosos descritos abordan las deficiencias clave de las herramientas informadas anteriormente y proporcionan un método de control de calidad universal para múltiples tipos de datos de expresión.