Transcriptómica: Acceso Abierto
Acceso abierto

abstracto

La selección de puromicina confunde los perfiles de RNA-Seq de los eritroblastos humanos primarios

Guo RL, Lee YT, Byrnes C y Miller JL*

La transducción lentiviral seguida de la selección de puromicina es un procedimiento bien reconocido para los experimentos de expresión y transferencia de genes que utilizan una variedad de tipos de células, incluidas las células madre y progenitoras hematopoyéticas humanas. A pesar de su amplia aplicación, la investigación sobre los efectos potenciales de la expresión del gen bacteriano puromicina N-acetiltransferasa (pac) en cultivos de células de mamíferos está incompleta. Aquí se examinó el potencial de la selección de puromicina para afectar los perfiles de transcriptoma utilizando un modelo bien estudiado para la eritropoyesis humana. Los experimentos se realizaron utilizando células CD34 (+) primarias de seis donantes humanos adultos sanos transducidas con dos vectores lentivirales que codifican pac disponibles comercialmente y comparadas con células de control no transducidas. Los perfiles de expresión génica de RNA-Seq se generaron en la etapa de diferenciación de proeritroblastos, luego se analizó la expresión génica diferencial con DEseq2 en el software R-Studio. La variación entre donantes en los perfiles de expresión génica y las variaciones entre las poblaciones seleccionadas de puromicina después de la transducción de los vectores lentivirales separados se manifestó mediante diferencias significativas en los niveles de detección de ARN de menos del 0,1 %. Sin embargo, la selección de puromicina después de la transducción del gen pac provocó cambios significativos en más del 5 % del ARNm en comparación con los controles no transducidos. Los resultados sugieren que se debe considerar el potencial de la selección de puromicina para confundir la interpretación de los perfiles transcriptómicos de RNA-Seq.