Ingeniería enzimática
Acceso abierto

abstracto

Propensión a la purificación de proteínas de Bacillus halodurans

Shaomin Yan y Guang Wu

La demanda de proteínas con fines especiales aumenta significativamente. Estas proteínas se obtienen generalmente a través de proteínas recombinantes, sin embargo su purificación es costosa y no fácil. Es necesariamente importante desarrollar un método para estimar la posibilidad de purificación de antemano para tener una prospectiva sobre las proteínas en cuestión. La purificación de una proteína debe estar relacionada con las propiedades instintivas de una proteína, incluida su estructura 3D, y hasta ahora se han encontrado alrededor de 540 propiedades de aminoácidos. Por lo tanto, es posible probar cada propiedad de los aminoácidos frente a la tasa exitosa de purificación de proteínas para averiguar qué propiedad es más adecuada para estimar la propensión a la purificación. En este estudio, cada una de las 535 propiedades se probó frente a 438 proteínas purificadas y 429 imposibles de purificar de Bacillus halodurans mediante regresión logística y un modelo de red neuronal. Se aplicó el análisis ROC a la sensibilidad y especificidad resultantes. Los resultados muestran que las propiedades de la composición de los aminoácidos fueron generalmente menos útiles para estimar la propensión a la purificación, mientras que las propiedades fisicoquímicas, las estructuras secundarias y las propiedades dinámicas de los aminoácidos fueron más útiles, y las propiedades dinámicas fueron más prometedoras. Por lo tanto, varios tipos de propiedades de las proteínas pueden servir para determinar la propensión a la purificación de las proteínas y tienen el potencial de reducir el costo y acelerar la producción en los campos microbiológico y biotécnico.