Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto
ISSN: 0974-276X
ISSN: 0974-276X
Daisuke Kubota, Akihiko Yoshida, Kazutaka Kikuta, Tsuyoshi Saito, Yoshiyuki Suehara, Masahiro Gotoh, Akira Kawai y Tadashi Kondo
El desarrollo de biomarcadores es un tema de investigación importante en la proteómica del cáncer. El cáncer es una enfermedad genética y clínicamente diversa, y se requieren con urgencia biomarcadores para la terapia de estratificación de riesgo. La proteómica ha descubierto un número considerable de biomarcadores candidatos y, durante la última década, se han desarrollado modalidades proteómicas para identificar candidatos prometedores. Los estudios de validación que involucran cientos de muestras en cohortes independientes son el próximo desafío para demostrar la utilidad clínica de cualquier candidato a biomarcador descubierto. Aquí, revisamos nuestros esfuerzos dirigidos hacia el desarrollo de biomarcadores de tejido utilizando un enfoque de proteómica. Con el objetivo de desarrollar un biomarcador pronóstico para el tumor del estroma gastrointestinal (GIST), examinamos los perfiles de expresión de proteínas de tumores primarios de 17 pacientes con GIST con diferentes riesgos de recurrencia y pronóstico después de la cirugía. A través de un estudio comparativo que utilizó electroforesis en gel de diferencia bidimensional y espectrometría de masas, encontramos que la sobreexpresión de pfetina era específica de pacientes con GIST con un bajo riesgo de metástasis y un pronóstico favorable después de la cirugía. Usando inmunohistoquímica, examinamos la expresión de pfetina en 422 casos adicionales de GIST en cuatro hospitales y confirmamos que los pacientes con GIST con tumores primarios positivos para pfetina tenían un pronóstico significativamente favorable en las cuatro cohortes. Además, el otro grupo de investigación validó de forma independiente la importancia pronóstica de la pfetina en 62 casos de GIST en dos hospitales. Se encontró que la pfetina es un factor pronóstico independiente con una utilidad pronóstica significativa en todos los grupos de clasificación de riesgo, que se basan en el tamaño del tumor y el estado de la mitosis. Además de pfetin, también identificamos DDX39 como un biomarcador de pronóstico desfavorable usando un enfoque proteómico y KCTD10 como un marcador de pronóstico favorable usando un enfoque basado en el conocimiento. Nuestra experiencia demuestra la utilidad de la proteómica para el descubrimiento de biomarcadores y la posible aplicación clínica de pfetin para la terapia de estratificación de riesgo en GIST.